以下、きのみ畑で1回育ててみた範囲でわかったことを記述します。
*4回目の収穫結果に合わせて追記、修正しました。　10/17

【育成について】
■時間
・およそ一日経ってから見てみたら実が収穫できました。3種類全部試しましたが、たいひの有無は成長速度には関係ない模様です。ただし育てる実の種類によって成長速度は違いがありました。突然変異でできたタポルの実だけは他の拾った実が育っても、まだ幹の段階でした。

■量
・オレンの実とモモンの実を5株ずつ植えて、5～11個収穫できました。草などはそれなりに抜いたつもりです。
そのうち何株かは別の種類の実、タポルの実がなっていました（一つの木にオレン4，　タポル1など）。畑から出ようとしたら博士が来て説明がありましたが、これが突然変異だそうです。

・2回目の収穫の結果では、びっくり＆たわわは5～８個。ぐんぐんで育てたものは15個も取れました！ でも水の頻度が多くてわりに合わない気がします。たわわで放置が一番楽そう。突然変異に関してはゼロでした。びっくりをあげたものも全部ダメでした…
・4回目までだと、突然変異種以外？はたわわで６～８個で安定していました。基本がこの数で手入れによって減るのでしょうね。

■突然変異の条件
・博士の説明によると、タポルの実は「オレンの実とモモンの実を掛け合わせるとできる」だそうです。
オレン*3でつくったびっくりたいひを3箇所だけ与えたのですが、うろ覚えですがそこ以外の株にもタポルがなっていた気がします。これが勘違いでなければ、同じうねに植えた実の影響を受けるのでしょうか？
*特定の組み合わせで隣同士にするとできるようです。びっくりを与えて隣に植えたら、全て突然変異ができていました。端キー・カゴ・カゴとしたら、端側のカゴだけ突然変異していました。右側3つの、マゴ・イア・マゴ
は全て突然変異混じりでした。

・ザロク：マゴ*イア
・ネコブ：カゴ*キー

【”こやし”について】
■びっくり、ぐんぐん、たわわの3種類
・びっくり：突然変異に関係する模様。
・ぐんぐん：水を与える頻度が上がる代わりに収穫量が増える。（通常の2～3倍の15個取れました！）
・たわわ：世話をしなくても収穫量が減らない。（肥料無しと同じ5－６個くらいを保証する模様）

・個人的には、放置できるたわわが良いです。ぐんぐんは収穫量がとても多いですが面倒です。うねが余ってるので、ぐんぐんやるなら、たわわで株を増やすほうがオススメです。

こやしの作り方は、
・びっくり：同じきのみ*3
・ぐんぐん：同じきのみ*2＋別のきのみ*1（オレン2＋モモン、モモン2＋オレンで確認）
・たわわ：基本は3種バラバラ。ですがコメントで指摘頂いた通り、ぐんぐんができる組み合わせもありました。以下のように手持ちの実で簡単な検証をしてみました。
*モモン＋オレンは固定で別の実を加えて実験。
たわわ＝イア、ナナシ、カゴ
ぐんぐん＝キー、マゴ
このような結果が出ました。たわわに関しては、実の組み合わせでまちまちなようです。

なお、水やりは一株ずつＡボタン→移動としなくても、種を一列蒔き終えてから端から水をやる→右/左にスティックを倒せば次々と水をやれます。草むしりも一括にしてほしい…

未だに来てくれる方がいるようなので、攻略サイトで確認した情報も含めてざっくりまとめておきます。

■木の実の収穫に必要な時間
・普通の木の実＝24時間。
・突然変異など一部木の実＝4８時間。

■突然変異
・条件：特定の木の実を隣り合わせに植える。肥料は確率が上がるだけで、無くてもできる可能性はある。
・種類：突然変異でできるのは、基礎ポイント（努力値）を下げる木の実と瀕死時能力アップのみ。
・それ以外の半減木の実などは、各地で戦闘中に背景に生えてる木から、エアカッターや竜巻を使って入手する。
・突然変異を全部揃えても何も起こらない。

突然変異を目指すのは、あくまで上記2種類の木の実が欲しい人だけです。
基礎ポイントに関しては、木の実一個で10しか下がりません。
最大の252から０にしようとすると、2６個も必要になります。
0にしたいだけならスパトレの「まっさらバック」を使うほうが遥かに簡単です。
「まっさらバック」は何もサンドバックを使ってない状態で叩くと稀にもらえます。
木の実は上げすぎたときなど、微調整に使うのが無難です。