わかりづらいポケパルレについて、自分で体感的にわかった範囲でまとめたいと思います。データ解析では無いので、参考程度にどうぞ。
下にまとめてある内容のだいたいは説明書に書いてあります（2７番目の項目）。基本的な説明はそちらのほうが詳しく書いてあります。
*未だに来てくださる方が多いので、内容をわかりやすいよう全面的に書き換えました。1101

【ポケパルレのやり方】
■最初からできる
・アイテムやイベントをクリアしなくてもポケパルレは最初から遊べます。
非戦闘中に3DSの下画面、初期状態ならＰＳＳの画面から右上のこんな形「>」の矢印をタッチするとポケパルレの画面が出てきます。（もう一回タッチor逆の＜の矢印をタッチするとスパトレです）
あとは真ん中あたりにいるポケモンにタッチすれば遊んだり、ポケモンを入れ替えたりできます。

■ハート≠なつき度
・ポケパルレのステータス表示はハート、食事、遊びの3つです。
ハートはなつき度とは別です。好感度のようなもので一定数まで上がると経験値が増える、戦闘中に急所に当たりやすくなる、攻撃を回避できるなどボーナスがもらえるようになります。それと今回増えたイーブイの進化系ニンフィアは、ハート2つ以上＋フェアリー技を覚えた状態でレベルアップすると進化します。

・内部値で一定ポイントごとにハートが溜まると推測されますが、詳しいことはわかりません。
体感的には、食事や撫でた後にポケモンから出るピンクのハートの数、あれをそのまま信じても良さそうです。

【使い道】
■ハート2つで、「経験値が多め」になる
・ハートが2つまで上がると、交換してないポケモンでも「経験値が多め」にもらえるようになります。初期ポケモンから捕まえた野良ポケモンでもハート2つで多めになったので間違いなさそうです。これが最大のメリットですね。（多めといっても1.5倍ではなく1.2倍のようです）

・4つまで上げると急所に当たりやすくなったり、回避するようになったり、ターン終了時に状態異常を回復したりするようになります。5つまで上げても特別な家具がもらえただけで、戦闘中の新しい効果は見られませんでした。効果発動率が上がっているから不明です。

【ハート2つへの道】
■慣れれば5～10分程度で完了
・捕まえたばかりの野良ポケモンでも慣れれば1体5分～10分程度でハート2つまで上げられます。ミニゲームに慣れないうちは15分～2０分程度かかります。

■基本は食事→遊び→食事＆撫でる
・ハートを溜めるための基本は食事→遊び→食事です。これを繰り返すだけで大丈夫です。
お腹は０～5段階で、だいたいポフレ（お菓子）の数と同じです。お腹が０になってたらだいたい5～７個程度で満腹になります。遊びは一回遊ぶと♪2つ分溜まります。

・満腹になったらミニゲームで遊びましょう。遊び終わると1～2段階程度お腹が減るので、またポフレをあげてください。ポフレにもランクがあり、季節のポフレ>飾り＋クリーム付き>飾り付き>クリーム付き>何も乗ってないものの5段階があります。ランクが高いほどハートの上昇量も大きいので、できるだけ高難易度のゲームを4つ星以上でクリアしていきましょう。無限だと時間がかかるので難しいを安定してクリアできれば充分です。

・食べ終わったら撫でましょう。ポケモンにタッチするとカーソルが手の形に変わるので、同じ箇所を撫でているとポケモンからハートが出ます。一回撫でるごとに♪が一つ減ります。♪がゼロの状態で撫でても黒い音符が出るだけでハートが上がりません。ですので、食事→遊びと終えたら、食事＆撫でる→遊び→食事＆撫でると繰り返すのが最も効率が良さそうです。

・なお遊びに関しては今選択しているポケモンだけでなく、ミニゲームに参加した他の2匹も遊んだことになります。ですので理論上は3匹を並行して進めるほうが効率的に育てられるかもしれません。
*個人的な感想だと、2匹が一番楽でした。3匹だとポフレの数が追いつきません。
ミニゲームはパズルだけもらえるポフレの数が少ないので、木の実かヘディング、得意なほうを難しいでクリアするのが最も効率が良いと思います。

■ハートをたくさん振りまいたらハート上昇の証拠
・食事→遊びのループを繰り返してハートを溜めていくと、ポケモンがハートを６個くらい振りまきます。これがハートが一段階上がった証拠のようです。これを見るまで続ければ良いということです。なぜか1つ目のハートのときは出ません。見逃したかな？と思ったら、いったんポケモン選択画面に戻って、ステータスを確認しましょう。

【ポフレの食べさせ方】
・ポフレにタッチした後、離さずにポケモンの口元までスライドして持って行きましょう。離すと落としてしまって、ポケモンの機嫌が悪くなります。私もフレンドに教えてもらうまで「なんで食べてくれないんだろう？」とずっと不思議に思っていました。
*画面外に向かって放り投げるとポケモンの反応が面白いです。お試しあれ。

【遊び】


■もぎってナッツ
・木になっているフルーツの中からポケモンが食べたいものを選んで、スライドして持っていくだけです。ポケモンが現れてから一定時間内にあげるとポイントが高くもらえます。（早い＝3P、遅い＝1P）
コツは指を止めないことです。ポケモンが出てくるのを待っているときも手を止めず、手首をぐるぐる回したりして、すぐに動けるようにしておきましょう。

■ねらってヘッド
・基本は落とさず跳ね返し続ければＯＫです。
高評価を狙う場合には当てる位置に注意しましょう。頭に出てる星の辺りで当てると3点。頭や足など、星から遠ざかるごとに2点、1点と得られる点数が少なくなっていきます。できるだけジャストミートを目指しましょう。

・高難易度を狙う場合には3匹のポケモンの背丈が異なると感覚的にやりづらいです。同じポケモンなど高さを揃えられるとやりやすくなります。また人型、怪獣など等身の高いポケモンほどやりやすいです。イーブイなど四足獣やベトベターなど頭＝身体のポケモンは辛いです。
*なお当たり判定自体は変わらないようです。小さなポケモンでも何も無い足元でも跳ね返せます。慣れたら当たり判定は見た目ではなく、高さなど画面の位置から判断すると良いでしょう。

■ぱったんパズル
・慣れないうちは一番難しいミニゲームです。
ポイントは2つ、端から揃えること、そして色の違いに注意することです。

・端から揃える
パズルの基本ですが、まずは外枠から固めていきましょう。そこで問題になるのは四隅以外のピースです。四隅と上下左右、どこにつくパーツかは見ればわかりますが、上のピースでも難易度が上がるごとに4，６つとどんどん増えて角から2番めなのか、5番目なのか判断がつきません。そこで役立つのが色の違いです。

・色の違いに注目
製作者側もそこは配慮してくれいて、上下と左右、それぞれでフレームの色が違います。たとえば右角が緑色で、左角は白、間に緑と白半分ずつのピースと色分けされています。角を揃えたら、緑が混じっているものは右寄りに、白が混じっているものは左寄りに置いて行くと、入れ替えていくうちにだんだんはまっていきます。

・中のピースはポケモンを目印にしましょう。
ポケモンは3体が等間隔に並んでいるので、動かしているうちに自然といくつかハマるものが出てきます。どのポケモンがどの位置かだいたいわかったら、頭なら上のほう、足なら下のほう、という具合により分けていくと８割型埋まります。手足がはっきりしている人型のポケモンや、ハリマロンのように部位ごとに色や形の違いがはっきりしているポケモンのほうがやりやすいです。

・そうすると背景しか映っていないピースが残ります。背景をよく見て、色の違いから残ったどの場所に当てはまるのか判断しましょう。バンギラスなど大型ポケモンだと背景の位置まで身体のパーツが映り込んでやりやすいです。

■5つ星は大変
・できれば最高評価の5つ星を狙いたいものですがかなり大変です。
4つ星半までは慣れればすぐにできるのですが、5つ星は一気に評価基準が厳しくなります。たとえばパズルの最低難易度だと、22秒程度で4つ星半ですが5つ星を狙うには1６秒程度まで縮めないといけません。アクションゲームで言えば、4つ星半までがノーマルクリアで、5つ星はハードモードです。無理して5つ星を狙わないほうが精神衛生的に良いですよ。

・無限は完全に趣味の域です。たとえクリアできるようになっても、ハートを上げるなら難しいのほうが時間あたりの効率が圧倒的に上です。無限クリアのコツは要望があれば別途書きたいと思います。

【顔マネ遊び】
■左下の黄色い人のマーク
・食事の後や撫でたりして遊んでいるうちに画面左下に黄色い人のマークが出ていることがあります。これは顔マネゲームのサインです。実は3DS内蔵カメラがプレイヤーを認識していて、焦点が上手く合うとこのマークが出ます。腕を伸ばして本体を離してみるとピントがあって、すぐに出てきます。この状態で左右に顔を傾けたり、目をつむったりするとポケモンもマネします。これを続けているとアイコンが表示され顔マネ遊びが始まります。

・「マークが出ない」「出てもすぐ消える」という人は、3DSを机の上に置いて試してみてください。このとき、自分も椅子に座るなど安定した姿勢にしてください。ある程度3DSとの距離と角度を調整すると、マークが安定して出るようになります。

■クリアできない
・顔マネ遊びが始まるまではいいのですが、何度やっても私はクリアできませんでした。眼鏡かけてると認識できないというので外してやるのですが、外すと裸眼では指示が見えづらいので失敗してしまいます。誰かクリアできたら、ハートの数など結果を教えて下さい。
　*匿名希望の方からコメントで情報を頂きました。クリアすると、ハート3つ、遊び3つ分の効果だそうです。数値だけ見ると時間のわりに効率は良くなさそうですね。楽しみながらやれるのがメリットでしょうか。

【インテリア】
■ハートの数とほぼ連動？
・家具や壁紙を入手するタイミングはまちまちですが、だいたいハートが1段階上がるごとに1つ、2つもらえました。手に入るものはランダムなような気もしますが、同じポケモンだと家具がダブりやすい気がします。ポケモンか、あるいはタイプや人型など何かのカテゴリーで分かれてるのかもしれません。

・体感的には、内部値でハート1つ分の半分まで溜まると家具が一個、もう半分溜めて表記でもハートが1段階増えるころにもう一個もらえる感じです。「たくさん遊んだ」と表示されてもらえることもあるので、食事や遊びの回数なのかもしれません。

■プレゼント
・ネットにつないでいると、他の人のポケモンがやって来ることがあります。3匹集まるといつの間にかプレゼント（ピンクの箱）を置いていってくれます。中身は家具かポフレです。インテリアでポフレを置いておくと集まりやすいようです。
注意点はプレゼントがもらえるのは、ポケパルレの画面を開いている間だけなことです。ＰＳＳやスパトレの画面を開いている間は無効です。