＞しょっちゅう違う脚本家さんが参加して、かつ意思疎通が上手く図れていない作品だとこういう事態はよく見られますが、これ一話からずっと同じ人が書いてるんですよね…

そこが信じがたいところですよね。
間に別の脚本家の回が挟まるなら、「急に前にやった話の続きをやったと思ったら前の回の脚本家さんが再登板していた」とか、「メインストーリーがようやく進んだと思ったらシリーズ構成の回だった」なんて事態はよくありますし、理解もできます。どうして同じ人がずっと書いているはずなのに、こんなに前フリがない唐突な展開が続くのでしょう。

＞医者＝命を救う、尊ぶ職業がテーマである作品において

どうもエグゼイドって命については関心が薄いみたいなんですよね。既に亡くなった人やリスク、予防措置などについては一向に触れる気配がありません。
「異常な状態（バグ）を正常に戻すのが医者」という定義なのではないかと思うことがあります。

＞むしろ、まだまだ伸びしろを期待する余裕のあった最序盤の方がマシなくらいですね

もう28話が終わりましたからね…
九条が殺されたり、自分のゲーム病のことを知ったり、ポッピーが敵になったり、イベントはあったはずなのですが特に永夢の人格は変わっていません。スタッフに変える気はないのでしょうね。

>飯島さんの永夢とMの演じ分け、いまだに馴染んだように感じられず見ていて恥ずかしくなることがあるのですが

私は未だに今しゃべってるのが永夢なのかMなのか、演技だけでは見分けられません。今回のあれも永夢がMのふりをしているのか、しゃべってるうちにMの人格が出てきたのか、永夢が悪ぶるとMっぽく見えるのか、どういう意味だったのか判断がつきません。

演技自体は下のほうだと思います。基本的にSHTの役者さんは演技がいまいちで当たり前だと思っているので言及しませんが。
エグゼイドに関しては永夢という役柄自体が難しいせいもあると思っています。アニメや漫画なら有りですが、実写に落とし込むのは相当大変だと思います。

＞グラファイトが黒鉛、パラドが水銀と銀の合金という幹部に対して、永夢の水晶（石英）という対比が序盤にはありましたが、永夢とパラドが同じ存在のような展開になると、その配置が完全に無意味になりますね。

パラドも合金だったんですか。知りませんでした。
私も今のところ、ネーミングの物語上の意味を感じたことはありません。ゲームと医療といった基本的モチーフすら怪しいので無理じゃないかと思っています。

>音ゲーしてないのにクリアできる音ゲーなど……

クリア条件は謎だらけですよね。
バガモンのときはまだ「ハンバーガーを食べて満足させる」というゲームのプロセスを踏んでいましたが、今回はただの説得で満足させたらOKでした。ポッピーはいつの間にかときめきクライシスのバグスターに変わっていたのでしょうか？　そこはせめて「ドレミファビートを使って音に気持ちを乗せて説得する」とかやればいいのにと思いました。

条件付きでもラブリカやニコから生まれたリボルのように条件を満たさない通常攻撃を無効化するバグスターもいれば、バガモンやポッピーのように通常攻撃で殺すこともできるらしいバグスターもいます。終わってみないとクリア条件がわからないのはバトルものとして問題だと思います。

＞今回だって「ベルトを奪って無力化してからCRで保護する」という折衷案くらい誰も思いつかないのでしょうか。

リプログラミングだってあるのに不思議ですよね。
「生きてるだけでウイルスをばらまく危険な存在である」とでも言うなら積極的に殺そうとするのもわかりますが、今までポッピーは無害という扱いで放置してましたし…

＞諸々の問題を終わらせずに放置してきたことを今さら持ち出されても困ります。

私もここが良くないと思います。
後に引っ張るなら合間合間にもう一度前フリしなおしたり、ミスリーディングで解決したように見せかけたり、やるべきことがあると思います。「登場人物がそれまで考えたことがなかったから」という理由はダメだと思います。

＞最初は当然、社長に洗脳されたからだと思っていたのですが、前回ラストあたりから、割りとはっきりポッピーの意思がある？という描写が見られ、見てる方も混乱してしまいました。

私はバグスター側にいたのは洗脳されたからだと思っています。
人間に対する意識が生まれた理由は謎です。作中で提示された要素からすると、考えられる可能性は2つだと思います。
１）消したはずのCRにいた頃の記憶が次第に戻っていった。
２）ポッピーは元々人間に好意的なゲームキャラクターとして設計されているから。

ですが断定するほどの物証は特にありません。「バグスターとはどんな存在なのか」が何もわかっていないからです。
まずパラドの言っていた「セーブデータを消した」というのがどれほどの効果があるのか謎です。
パソコンなら消しても残滓からデータをサルベージできることもあります。バグスターの記憶とラブリカの初期化がどの程度の効力を持つのかわからないので、ポッピーが元の人格に戻ったのが当然の結末なのか奇跡なのか判断できません。

「バグスターのゲームキャラに由来する部分」も謎です。
行動理念を「そういうキャラだから」と説明されたバグスターもいますが言動の全てがキャラ設定に依存しているのかは疑問です。人間に対する敵意や完全体になりたがる生存本能のように見える行動からは人格を感じます。
しかしそれすらも不可解な点があります。パラドに従う理由が見当たらないことです。恩義があるわけでもなさそうですし、パラドの掲げる現状の人間狩りに共感しているようにも見えません。
もはやいっそ「バグスターの悪意も全てパラド（黒幕？）が後からインストールしたもの」と投げやりにまとめたほうがすっきりしそうなくらいです。

この上更にポッピーに関しては「リプログラミング」があります。
「正常化したように見えるのは永夢がリプログラミングで自分のイメージするポッピーをポッピーピポパポに植え付けたから」という可能性すらありえます。
バグスターもリプログラミングもラブリカの記憶操作も何ができて何ができないのかわからず、説明済みの確かな設定が見当たらないので特定しようがありません。

＞社長による洗脳で押し通していれば、「音ゲーなしでクリア扱いになったのは、意識が「ときめきクライシス」の能力で支配されていたので、説得でクリアできた」という感じで、特に違和感がなかったのですが。

今回の流れなら、ときめきクライシスのゲームクリアー扱いのほうがまだ納得がいったと思います。

＞今作で一番びっくりなのは、大量に美味しい話が作れそうな素材が転がっているのに、出来上がった料理はこれかい！？という点ですね。

組み合わせ方は本当に謎ですよね。
他の脚本家も交えた共作なら噛み合わせの悪さや回収されない要素もわかります。しかし今のところ一人で書いているのに物語の中枢たる全体の流れや見せ場すらもしっくりきません。普通に考えたら、ポッピーがバグスターであることを１クールで適当に処理した時点で今回の話はもうやれないしやらないと思います。

>考えられる可能性は2つだと思います。
１）消したはずのCRにいた頃の記憶が次第に戻っていった。
２）ポッピーは元々人間に好意的なゲームキャラクターとして設計されているから。

確かにどちらも考えられますね。問題なのは、それを示唆するシーンが何もなく、いきなりポッピーが苦悩しだした事です。
本編では結局「リプログラミング」であっさり解決してしまいましたが、リプログラミングは「解決の手段」でなく「解決のきっかけ」にとどめておけばよかったのではないでしょうか。例えば以下のように。

①リプログラミングを行ったが、洗脳は解けずポッピーはその場を去る
②しかしリプログラミングのため洗脳に影響が出て、ポッピーの自我が少しずつ蘇りはじめ　て苦悩しだす
③その次の戦闘で、「説得」によって完全に洗脳が解ける

こんな流れですと、「最初からリプログラミングやればいいじゃん！」という突っ込みも回避できるし、社長の恐ろしさも垣間見えますし、ストーリーも盛り上がったのでは？

>本編では結局「リプログラミング」であっさり解決してしまいましたが、リプログラミングは「解決の手段」でなく「解決のきっかけ」にとどめておけばよかったのではないでしょうか。

そういう流れのほうが適切だったと思います。
個人的には焦点がブレている感じがしました。ポッピーの苦悩を描きたいなら永夢のリプログラミングなんてせずに、CRで人を救った経験とバグスターのバックグラウンドで悩むほうが良かったと思います。そのほうが永夢の説得も有効に働いたと思います。